यूपीएससी सीएसई परीक्षा के लिए आवेदन शुल्क 100 रुपये है। हालांकि, महिला कैंडिडेट्स को आवेदन शुल्क में छूट दी गई है। साथ ही एससी, एसटी और PwBD कैंडिडेट्स को भी आवेदन शुल्क में छूट दी गई है। आवेदन शुल्क का भुगतान विभिन्न तरीकों से किया जा सकता है, जिसमें भारतीय स्टेट बैंक की किसी भी शाखा में नकद जमा करना, नेट बैंकिंग, या वीजा/मास्टर/रुपे क्रेडिट/डेबिट कार्ड या यूपीआई भुगतान आदि शामिल है।