अगर गुड़ को ठीक तरह से तैयार नहीं किया जाए तो उसमें अशुद्धता रह जाती है, इस वजह से इसको खाने से आंतों में कीड़े पड़ने की आशंका बढ़ जाती है। गुड़ ज्यादातर गांवों में तैयार किया जाता है, जहां इसे बनाते समय इसकी शुद्धता पर ज्यादा ध्यान नहीं दिया जाता है। इस वजह से इनमें छोटे जीव रह जाते है जो आपकी हैल्थ को खराब कर सकते हैं। कई बार गुड़ का गर्मियों में ज्यादा सेवन करने से एलर्जी की परेशानी हो जाती है इससे नाक बहना, उल्टी, सर्दी, खांसी, सिरदर्द जैसी कई दिक्कतें हो सकती हैं। ये सम्सयाएं या एलर्जी गर्मियों में गुड़ खाने से हो जाती है।