इस पूरे विवाद की शुरुआत तब हुई जब राजस्व विभाग की टीम ने एक आवासीय कॉलोनी के निर्माण को लेकर जमीन की नाप-जोख की। एसपी के अनुसार, सरकारी रिकॉर्ड्स खंगालने पर पता चला कि जिस जमीन पर मस्जिद खड़ी है, वह असल में खरखौदा थाने की है। सरकारी रिकॉर्ड के मुताबिक, करीब 6450 वर्ग मीटर जमीन थाने के नाम पर दर्ज है, जिस पर बाद में यह मस्जिद बना ली गई।