नटराजन ने आरोप लगाया कि भाजपा तमिलनाडु सरकार को अस्थिर करने के लिए पार्टी के खिलाफ साजिश रच रही है। उन्होंने कहा, "ऑडीटर गुरुमूर्ति की अगुआई में द्रविड़ों के खिलाफ ब्राह्मण साजिश रच रहे हैं। मैं यह नहीं कहता कि साजिश में सभी ब्राह्मण शामिल हैं, लेकिन उनमें से 10 प्रतिशत राज्य के भगवाकरण की कोशिश में लगे हैं।" हालांकि मोदी की तारीफ़ करते हुए उन्होंने कहा, "मोदी अच्छे आदमी हैं, हम उनका समर्थन भी करते हैं। लेकिन उनके आस-पास मौजूद लोग उन्हें दिग्भ्रमित कर रहे हैं।" पूर्व मंत्री केपी मनुस्वामी की आलोचना पर नटराजन ने कहा, "नक्सलियों से संबंध के आरोपों की वजह से मनुस्वामी को उनके पद से हटा दिया गया था। शशिकला की वजह से उनकी पार्टी में वापसी हुई। उनके पार हमारे खिलाफ बोलने के लिए कोई नैतिक आधार नहीं है।"
