राम मंदिर में हुई कथित चोरी की घटना को लेकर स्वामी प्रसाद मौर्य ने एक विवादित बयान दिया था। उन्होंने तंज कसते हुए कहा था कि "जो भगवान राम अपने मंदिर की रक्षा नहीं कर सके, वह आपकी रक्षा क्या करेंगे?" लुटेरे मंदिर से करोड़ों रुपये सोना-चांदी लेकर आसानी से फरार हो गए लेकिन भगवान राम उन्हें कोई सजा नहीं दे पाए। अगर भगवान राम में सचमुच कोई अलौकिक ताकत होती तो चढ़ावा चुराते समय ही सारे लुटेरे वहीं जलकर भस्म हो गए होते। स्वामी प्रसाद मौर्य ने कहा कि अगर ऐसा होता तो वह भगवान की शक्ति को मान लेते लेकिन असलियत इसके बिल्कुल उलट है क्योंकि, इतना कुछ होने के बाद भी चोरों का बाल तक बांका नहीं हुआ है।