अपने जीवन में प्रो. गुरुदास अग्रवाल विभिन्न समाजसेवी संस्थाओं से जुड़कर उन्हें तकनीकी, आर्थिक और मोरल सहायता करते रहे। इन संस्थाओं में तरुण भारत संघ, पीपल साइंस इंस्टीट्यूट, वनवासी सेवा आश्रम व गांधी शांति प्रतिष्ठान शामिल हैं। प्रसिद्ध समाजसेवी एमसी मेहता और भारत झुनझुन वाला भी पर्यावरण से संबंधित विषयों में उन्हीं से सलाह लेते थे। साल 2009 से उन्होंने अपना जीवन गंगा को अर्पण करने का निश्चय किया और 13 जून 2009 में पहला अनशन किया। इसके फलस्वरूप गंगोत्री से उत्तरकाशी तक 145 किलोमीटर के क्षेत्र को एक सेंसिटिव जोन घोषित कर दिया गया और गंगा के ऊपरी भाग में तीन परियोजनाओं के निरस्त कर दिया गया। गंगा की अविरलता के लिए उन्होंने कई अनशन किए। महामना मालवीय जी के पुत्र गिरधर मालवीय और गंगा महासभा के साथ मिलकर उन्होंने एक कानून का प्रारूप तैयार किया, जिसे वह चाहते थे कि सरकार पास करे, जिससे गंगा की निर्मलता और अविरलता सुनसिचित की जा सके।