मंदिर में भगवान गुरुवायुरप्पन बालरूप में विराजित हैं यानि यहां बाल गोपाल की पूजा की जाती है। बालगोपालन की मूर्तिं के चार हाथ हैं जिसमें एक हाथ में शंख, दूसरे हाथ में सुदर्शन चक्र, तीसरे हाथ में कमल पुष्प और चौथे हाथ में गदा है। गुरुवायुर मंदिर को भूलोक वैकुंठम भी कहा जाता है जिसका अर्थ होता है धरती का वैकुण्ठ लोक।