दरअसल कुछ महीनों पहले जेएनयू की एक छात्रा ने प्रोफेसर जौहरी के खिलाफ एफआईआर दर्ज कराते हुए बेहद संगीन इल्जाम लगाए थे। रिपोर्ट्स के मुताबिक एक छात्रा ने कहा था, 'प्रोफेसर जौहरी मेरे पर्यवेक्षक हैं। 2013 में जब मैंने अतुल जौहरी की लैब ज्वाइन की थी तो वो कुछ ज्यादा ही दोस्ताना तरीके से पेश आए। एक बार उन्होंने मुझसे पूछा था कि क्या तुम्हारा कोई बॉयफ्रेंड है और अगर है तो क्या उससे कोई शारिरीक संबंध है?' जौहरी के खिलाफ छात्राओं ने अश्लील बातें करने का भी आरोप लगाया था। छात्राओं ने जौहरी पर शारीरिक बनावट भद्दी टिप्पणी करने और काम की बजाए असहज करने वाली गैरजरूरी बातें करने का भी आरोप लगाया था।